Баварская гончая по кровяному следу является сравнительно молодой породой родом из Германии. Веками немецкая аристократия среди всех других видов времяпрепровождения отдавала предпочтение охоте. Поэтому существовала постоянная заинтересованность в усовершенствовании охотничьих навыков своих собак.
Впервые породу баварская гончая письменно упоминают в документах датированных 1459 годом, в которых изложено предложение графа Каспара Торринга заняться разведением собак этой породы на ферме монастыря Тегернзее. Следует сказать, что псы разведения графа Торринга пользовались популярностью при монастырях и у знати. Даже королевский дом Баварии был хорошо знаком с этими собаками.
Следующее упоминание о предшественниках баварских гончих встречается несколько столетий спустя в 1812-м году. В документе записано, что княжеский род Турн-Таксис сохранил псов, работающих по кровяному следу. Представители этой благородной фамилии разводили своих собак, приливая баварским псам крови ганноверских гончих и таксообразных браков.
Баварские гончие современного типа были выведены лишь во второй половине 19 века бароном фон Джозефом Карг-Бебенбургом. Следует упомянуть, что барон на протяжении длительного времени получал около 60 псов ежегодно. Большинство собак он безвозмездно отдавал в помощь баварским лесничим.
Изначально барон Карг-Бебенбург привез в свое поместье в Баварии несколько ганноверских гончих с целью приспособить их для работы по следу. Немецкие охотники обычно выбирали эту породу, когда нуждались в собаке, которая бы хорошо брала след, но барон нашел некоторые ее характеристики неподходящими для работы в такой гористой местности, какую представляла собой Бавария. В частности, ганноверская гончая была сравнительно крупной и тяжеловесной собакой, которая не могла равняться по скорости с местными собаками. Поэтому он свел эту породу с несколькими другими, которые испокон веков жили в Баварии и прилегающих к ней территориях. До сих пор достоверно неизвестно, какие именно местные породы стали участниками этих скрещиваний. Среди весьма вероятных кандидатов выделяют красная горная гончая, тирольский бракк, ганноверская гончая и австрийская черно-подпалая гончая.
В результате получилась миниатюрная версия ганноверской гончей, которая отличалась лучшей сообразительностью и большим проворством и в целом лучше подходила для охоты на гористой местности. Баварская горная гончая очень быстро завоевала популярность среди охотников.
Как новая порода баварская горная гончая по кровяному следу была зарегистрирована в 1883 году. В 1912 году был создан Клуб породы со штаб-квартирой в Мюнхене. Это единственный признанный Клуб баварских горных гончих в Германии.
К сожалению, во времена 1-ой Мировой Войны разведение собак этой породы было почти уничтожено, и по сей день поголовье баварских гончих так и не удалось восстановить в довоенном количестве.
До недавнего времени репутация этой породы как превосходного следопыта и компаньона не распространялась дальше границ ее родной Германии, но теперь баварцы всё более и более становятся популярны по всему миру.